Markus Timo Rüegg wuchs in Benken im Kanton St. Gallen auf. In «Mein Weg zu Padre Pio» beschreibt er seine Kindheit und Jugendzeit. Als Sohn eines Lehrers musste er zwei Jahre lang zum eigenen Vater in die Primarschule. 

Schon früh wurde ihm der familiäre und gesellschaftliche Druck im kleinen Dorf im Linthgebiet zu gross. Er besuchte drei Jahre lang die Klosterschule in Näfels im Kanton Glarus. Eigentlich hätte er Pfarrer oder zumindest Lehrer werden sollen. Aber Markus Timo rebellierte. 

1980 schickten ihn seine Eltern in der Hoffnung auf Besserung auf eine Pilgerreise nach San Giovanni Rotondo in Süditalien. Dort ging er statt zur Messe in die Padre-Pio-Kirche, ins Dorf und lernte Anna Pia kennen. Er versprach ihr, zurückzukehren. Einige Monate später verliess er als 16-Jähriger das Elternhaus in Benken und war während vier Monaten unauffindbar. In San Giovanni Rotondo schlug er sich während dieser Zeit als Fussballer, Fassadenmaler und Weinmacher-Gehilfe durch.